2021年5月17日，下午，我與夫人穿過中華門，走到長干橋上，就可以看到秦淮河南岸不遠處大報恩寺琉璃寶塔的優美身姿了，寶塔下面就是大報恩寺遺址公園。大報恩寺遺址公園位於南京市秦淮區中華門外，佔地面積約140000平方米，是中國規格最高、規模最大、保存最完整的寺廟遺址，包括遺址保護區、大報恩寺遺址博物館、大報恩塔等，遺址公園中保護性展示了大報恩寺遺址中的千年地宮和珍貴畫廊，以及從地宮中出土的石函、鐵函、七寶阿育王塔、金棺銀槨等世界級國寶，是夫子廟秦淮風光帶重要組成部分。遺址公園中備受矚目的琉璃寶塔並未按照歷史原樣復建，而是以輕質鋼架玻璃保護塔的形式重現，在完整保護遺址的前提下賦予其像徵意義與內涵，留給每個人對於這已逝的宏構和盛景無限的想像。
大報恩寺是南京歷史最為悠久的佛教寺廟，千餘年間，屢廢屢建，寺名亦屢屢更易，大報恩寺塔立於南朝寺廟發祥地和江南佛教中心。 “南朝四百八十寺，多少樓台煙雨中”，杜牧這兩句詩中“四百八十寺”的起源就是大報恩寺。東吳赤烏十年（247年）東吳大帝孫權為康居國僧人會在長干裡修建建初寺和阿育王塔，成為江南塔寺之始，有“江南第一寺”之稱，是繼洛陽白馬寺之後的中國第二座寺廟，也是中國南方地區的第一座寺廟。經過考證，其與靈谷寺、天界寺並稱為金陵三大寺，下轄百寺。阿育王塔約建於東漢獻帝的興平年間（194─195年），是南京最古老的佛塔，也是中國最早的佛塔之一。建塔者極有可能是秣陵人符融，他曾任徐州刺史陶謙麾下之廣陵、下邳、彭城三郡的運漕官，並以漕運所得經費建廟蓋塔。符融為最早見於正史的中國閣樓式佛塔的創始者，後退守故里秣陵，為孫策攻滅。
晉太康年間（280─289年）復建，名長干寺；南朝陳為報恩寺，北周建德六年（577年），齊地佛門遭劫，聞率僧眾四十餘循海路奔建康，輒遇大風波，楫折船沉，忽現巨龜，負眾僧出水，須臾抵建康。聞口稱南無阿彌陀佛。龜對曰：師父曾記否，吾乃海曲放生池之老龜也。聞恍然大悟。奏聞宣帝，帝大悅，敕建報恩寺，香火祀之。唐朝年間，“慧聞者，齊渤海人也。幼年向佛，十二入寺，十六受戒。苦修《大智度論》、《中論》，樹“一心三觀”，啟天台之源。所入法門，非世可知。學者仰之，以為履地戴天，莫知高厚。又以憫寺所得櫬施，買海曲溪石梁為放生池，佛法廣播於江北。 ”北宋端拱元年（988年），僧可政得唐三藏玄奘大師頂骨舍利，於長干寺建塔瘞藏；宋天禧元年（1017年），重修後的長干寺改稱天禧寺，寺塔易名“聖感”；元至元二十五年（1288年），詔改天禧寺為“元興慈恩旌忠教寺”，改塔名為“慈恩塔”。
明朝永樂六年（1408年）毀於火，永樂十年（1412年）明成祖朱棣敕工部於原址重建，明成祖以紀念明太祖和馬皇后為名，命工部於此重建大報恩寺及九層琉璃寶塔，徵集天下夫役工匠十萬餘人，耗費248.5萬兩白銀，黃金無數，歷時十九年始完工。大報恩寺施工極其考究，完全按照皇宮的標準來營建，金碧輝煌，晝夜通明。整個寺院規模極其宏大，有殿閣30多座、僧院148間、廊房118間、經房38間，是中國歷史上規模最大、規格最高的寺院，為百寺之首。
大報恩寺琉璃寶塔高達78.2米，通體用琉璃燒製，塔身白瓷貼面，拱門琉璃門券。底層建有迴廊（即宋代的“副階周匝”）。塔室為方形，塔檐、斗拱、平坐、欄杆飾有獅子、白象、飛羊等佛教題材的五色琉璃磚，由於各層傳遞，所以使用的磚瓦尺寸不一。塔內外置長明燈一百四十六盞，自建成至衰毀一直是中國最高的建築，九層八面，甚至數十里外長江上也可望見，也是世界建築史上的奇蹟，位列中世紀世界七大奇蹟，被當時西方人視為代表中國的標誌性建築，有“中國之大古董，永樂之大窯器”之譽，被稱為“天下第一塔”。大報恩寺琉璃寶塔作為中國最具特色的標誌性建築物，是當時中外人士遊歷金陵的必到之處。 “依大內圖武，造九級五色琉璃塔，曰第一塔，寺曰大報恩寺”。大報恩寺的修造，由鄭和等人擔任監工官。大報恩寺在永樂、宣德年間建造，正值鄭和率領下西洋船隊多次遠洋海外之時，因而，鄭和對這項工程難以全力照顧，工程進展緩慢，弊端展現。為此，1428年（宣德三年），明宣宗朱瞻基特下禦敕，要此時已出洋回國任南京守備的鄭和“即將未完處，用心提督”，限期完工。竣工以後，鄭和還特其從海外帶回的“五穀樹”、“婆羅樹”等奇花異木種植在寺內。
明朝嘉靖四十五年（1566年）遭雷火襲擊，天王殿，大殿、觀音殿、畫廓一百四十餘間焚為灰燼；萬曆二十八年（1600年）塔心木腐朽，塔頂傾斜，僧人洪恩募捐銀數千兩使之得以重修。清朝順治十八年以後，內府及地方均有撥款修繕記載。最後一次是1802年（清嘉慶七年）修復竣工後，繪塔圖並附志。清朝咸豐四年（1854年），大報恩寺塔被毀，關於被毀的原因有兩種說法。一說，清軍攻克雨花台後，太平軍為防清軍佔據大報恩寺對城內造成威脅，太平軍先下手為強，遂“用火藥轟之，复挖空塔座下基地，數日塔倒，寺遭焚毀”。另一說則是1856年，正逢天京之變，北王韋昌輝因為擔心翼王石達開佔領城外的琉璃塔，架炮攻擊城內，派兵一面在塔下挖地道引爆炸藥，一面用火砲直接轟擊塔身，最終使琉璃塔化作一堆瓦礫，而大報恩寺的其他建築也被由此引發的大火全部燒毀。也有人認為是曾國藩下令炸毀的。大報恩寺坐東向西、規模宏大，全寺整體建築分為南北兩大部分，寺廟主體部分（山門，佛殿、琉璃塔等）居北半部，附屬部分（僧房、禪堂、藏經殿等）居南半部，南北兩部分之間由圍牆隔開。大報恩寺北半部主體建築中軸線佈局排列有序：山門（金剛殿）—香水河橋—天王殿 —大雄寶殿—琉璃塔一觀音殿一法堂。
從大報恩寺的大門進入，沿著大報恩寺的中軸線向前走，看見有一座古橋，這是大報恩寺山門後香水河上的香河橋，距今已有600多年的歷史了。站在香水河橋上可以將天王殿，琉璃寶塔頂連成一線，可見當時設計者的精妙設計。香水河橋為石拱橋，橋面總寬745厘米，通厚65厘米，七層，砌築於石板橋底上。橋面成微拱形，中間鋪設了一排巨大的青石板，寬約2.5米，從橋上一直往琉璃塔的方向鋪去，這樣巨大的石板只有在明故宮和明孝陵才能夠看見。青石板兩邊還有兩排小石板鋪設的路面，中間的青石板保存基本完好，兩邊的石板已殘缺不全。香水河橋之下即是香水河河道。河道橫貫南北，河道的兩岸與底部皆用長方形青條石鋪砌。香水河，在佛教有八功德水的含義，但對於大報恩寺來說，還是功能完善的排水系統。
香河橋的南北，對稱佈置有兩座御碑亭，是永樂碑和宣德碑遺址。兩座御碑是大報恩寺中軸線兩側的重要建築之一，也體現了皇家寺院的崇高地位。北面是宣德三年御製大報恩寺右碑，北碑立於明宣德三年(1428)，碑身面南背北，通高8.55米，其中碑額高2.00米，寬2.10米，厚0.82米，篆書“口口大報恩寺志”；碑之龜趺已缺頭，殘長3.20米，高2.10米，寬2.10米，碑身高4.45米，寬1.91米，厚0.62米，碑文已漫漶難辯。寺毀後，這裡改為民居，碑局促於北山門6號院內。北碑距南碑100米，在正學路44號院內，為永樂二十二年(1424)立，現僅存龜趺，龜身浮雕紋飾尚清晰，高2.06米，長4.25米，寬2.06米。
《金陵梵剎志》一書中錄有兩碑碑文，宣德御碑此碑文為宣德皇帝朱瞻基所撰。宣德三年三月十五日“夫大覺之道，肇自西域，入中國行於天下，其要歸於導民為善，一切撤其迷妄之蔽，而內諸清淨安穩之域，以輔翼國家之治。而功化之妙，下至幽冥淪滯，靡不資其開濟，是以功超天地，澤及窮。歷代人主，咸崇獎信。我國家自太祖高皇帝受命為君，功德廣大，同乎覆載。太宗皇帝奉天中興，大德豐功，海宇悅服。仁宗皇帝嗣臨大寶，功隆繼述，遠邇歸仁。三聖之心，與天為一，與佛不二。是以道高帝王，恩週普率，四方萬國，熙皞同春。朕承天序，寅奉鴻圖，惟祖宗之心，操存不越；惟祖宗之道，率履弗違；至於事神愛民，一惟先志。南京聚寶門之外，故有天禧寺，我太祖皇帝加修葺之致，清理之功。歲久而毀，太宗皇帝更新作之，名大報恩寺。上以伸聖孝，下以溥仁恩。經營之精深，規模之廣大，極盛而無以加焉。垂成之日，龍輿上賓。仁宗皇帝臨禦，用競厥功。製作之備，巋焉煥焉，踔立宇宙，光映日月。於以奉萬德之尊，會三乘之眾，永宣靈化，弘建福德，顯幽萬類，覆被無窮，蓋自古所未有也。其興造之由，已見永樂甲辰御製之碑，龍章麗天，本末完具。茲謹述三聖所以嘉厚象教之盛心，刻文貞石，昭示悠久。於戲!鐘山巍巍，大江洋洋。聖德長存，慧化不息。億萬萬年，與天同壽。 ” 碑文內容是歌頌明太祖、明成祖、明仁宗三位先皇的功德。後來大報恩寺在太平天國戰火中遭到嚴重破壞，宣德御碑原本的碑亭被破壞，但這塊巨碑，和龜趺、底座都保留了下來，四周重新建起了碑亭。
永樂御碑既御製大報恩寺右碑，刻製於明永樂二十二年（1424年），現碑身、碑額已毀，僅存龜趺座。此碑的碑文是明成祖朱棣撰寫，講述了他建造的大報恩寺的緣起和想法。這塊石碑現在太平天國歷史博物館（瞻園）的展廳內，被雕刻成“太平天國石雕水池”，這個水池的尺寸是：173厘米長，85厘米寬，38厘米高，池內側高22厘米。水池周身雕刻了龍、鳳、虎、壽、牡丹等花紋。水池一邊邊沿上能模糊地看出幾個字，依稀能辨出“無外”二字，接下來還有“微妙、名、匪”等幾個字能認出。與《金陵梵剎志》收錄的《御製大報恩寺左碑》碑文相對照，這些殘字的排列與碑文中第一句話“朕惟佛氏之道，清淨堅固以為體，慈悲利濟以為用，包含無外，微妙難名，匪色相之可求，無端倪之可測，圓明普遍，顯化無方，有不可思議者焉”相一致。永樂皇帝朱棣所撰碑文：永樂二十二年二月口日“朕惟佛氏之道，清靜堅固以為體，慈悲利濟以為用，包含無外，微妙難明。匪色相之可求，無端倪之可測。圓明普遍，顯化無方，有不可思議者焉。朕皇考太祖，聖神文武，欽明啟運，俊德成功，統天大孝高皇帝。皇妣孝慈，昭憲至仁，文德承天，順聖高皇后，開創國家，協心致理，德合天地，功在生民。至聖極大，無以復加也。朕以菲德，統承大寶，負荷不易。夙夜惟勤，惕惕兢兢，只循成憲。重惟大恩罔極，末由報稱；且聖志倦倦，惟欲斯世斯民，暨一切有情，咸得其所。繼述之重，其在朕躬。仰惟如來萬法之祖，弘濟普度，慈誓甚深。一念克誠，宜無不應，增隆福德，斯有賴焉。南京聚寶門之外，有寺舊名長干，吳赤烏之歲所建。歷世既遠，興替相因。宋真宗時，改寺額為天禧。國朝洪武中，撤而新之。歲月屢更，將復頹圮。永樂乙酉，嘗命修葺，未幾厄於回祿。今待命重建，弘拓故址，加於舊規。像貌尊嚴，三寶完縣，殿堂廊廡，輝煥一新。重造浮圖，高壯堅麗。度越前代，更名曰大報恩寺。所以祗靈迎貺，上資福於皇考、皇妣，且祈普佑海宇生靈及九幽滯爽，咸獲利濟。用仰承我皇考、妣之聖志，而表朕之孝誠。今將竣事，特志其本末於碑，用昭示如來之道化。我皇考皇妣之功，德配天地之廣大，同日月之光明，而相為悠久於萬萬年。”
從室外進入室內，在進門處的北過廳入口，有一道金色光脈投射在腳下的磚面上，這些光脈匯聚成“布施、持戒、忍辱、精進、禪定、般若”等佛教六度，從這裡走過，是一道正式的“光浴”進門儀式，相當於與外界隔離開來。古代皇帝祭天拜祖、僧人誦經念佛之前，都要“沐浴更衣”，以示尊敬。進入大報恩聖地將古代“沐浴更衣”演化為洗塵淨心，感受三重洗禮：香薰浴、光浴、霧浴。展廳有二個很大的玉石水池叫洗手靜音台，不斷向外溢出潔淨之水，房頂上塑造的蓮花蓮葉，在燈光下放出五彩之色，下有潺潺流水，香氣繚繞，上有碧荷蓮燈，讓眾生用一顆虔誠乾淨的心進入超凡脫俗的佛國淨界。佛教認為水代表宇宙的本源，蓮花是聖潔象徵。喻修佛之人脫離俗塵，洗塵淨心，聖潔如蓮。
按照景區的指南，參觀路線的第一站是長干佛脈，展現了古長干里和大報恩寺的盛景。在六朝古都南京城中華門外秦淮河南岸有一片開闊地區叫長干裡，當地人稱為“寶塔根”。這裡曾經是佛寺集中地，其中最早的就是古長干寺。這個寺廟在三國東吳時期就有了，當時叫“建初寺”，後改稱為“長干寺”。到了南北朝的梁朝時期曾改稱為阿育王寺，之後的北宋時又稱“天禧寺”，之後該寺風光不在，雜草叢生。到了大明朝時，明成祖為了紀念其母在此新建“大報恩寺”，建報恩寺塔，此後以報恩寺聞名。在清朝太平天國時期又被毀於戰火，從此沉寂於世。 2008年在發掘整理報恩寺地宮時發現一石函，碑文記載此卻是長干寺而非報恩寺，後來經考古專家們研究認定此地宮確實是長干寺而非報恩寺。進一步打開石函後赫然發現上有佛祖頂骨舍利的記載，這又是一個重大發現。佛祖頂骨舍利可是佛教最高至上的聖物。之後進一步發掘又發現一鐵函，打開鐵函，發現了金光閃閃的一座寶塔，塔高1.1米，上有多種寶物，這就是七寶阿育王塔。塔中套有銀槨，銀槨中有金棺，金棺裡面發現了佛祖頂骨舍利，感應舍利和諸聖舍利。
千年對望展區的兩旁共八根琉璃立柱，寓意釋迦牟尼佛八相成道，步道上七朵蓮花，寓意佛陀“七步生蓮”。長廊盡頭是玄奘法師與佛陀的對望，玄奘大師在世與佛陀涅槃相隔約一千年，玄奘頂骨舍利與佛陀頂骨舍利共同埋藏於此地也約一千年。 “千年對望”完美呈現大報恩寺與佛陀、玄奘舍利的殊勝因緣。佛陀的頭像是立體的，上方垂下很多帶有LED燈的線條，在頭像各個位置亮的燈，描繪出佛陀的頭像。佛陀的頭像旁有經文，長廊的盡頭是玄奘法師的清瘦背影面對著佛陀微笑，四周是的琉璃柱，由5OOO多個佛龕與雕刻玻璃作品組成。
大報恩寺施工極其考究，完全按照皇宮的標準來營建。整個建築群的施工都十分精緻。地基上先釘入粗大木樁，然後縱火焚燒，使之變成木炭，再用鐵輪滾石碾壓夯實，木炭上加舖一層硃砂，以防潮、殺蟲。大報恩寺的建造與古埃及法老的“金字塔”建築方法很相似，不是用腳手架一層一層搭建，而是“造一層，四周壅土一層，隨建隨壅，至九層，則亦壅九層，始終在平地建造。及工竣，復將所有壅土除去，而塔身始現”這樣在“平地上”作業，可以保證工程的質量。因為採用堆土法施工，塔成之後，洗塔便成為巨大工程，民間有“造塔容易洗塔難”之說。
如果將大報恩寺比喻為一頂璀璨的皇冠，那麼琉璃塔無疑是這頂皇冠上最熠熠生輝的明珠，在它存在的400多年中，中國沒有其它任何一座建築可以與之比肩。明成祖朱棣給琉璃塔御賜了“第一塔”的塔名。剎頂鑲嵌金銀珠寶。角樑下懸掛風鈴152個，日夜作響，聲聞數里。自建成之日起就點燃長明塔燈，金碧輝煌，晝夜通明。塔內壁佈滿佛龕。該塔是金陵四十八景之一。明清時代，一些歐州商人、遊客和傳教士來到南京，稱之為“南京瓷塔”，將它與羅馬鬥獸場、亞歷山大地下陵墓、比薩斜塔相媲美，稱之為中古世界七大奇觀之一，也是中國的象徵之一。 18世紀?德國著名版畫家Habermann手繪南京大報恩寺古琉璃塔版畫。九層琉璃塔的每一面牆壁之上，都有2扇窗戶，共計144扇。這些窗戶全部用磨製得極薄的蚌殼進行封閉，144盞油燈就分別安置在窗戶之內。這些蚌殼製成的窗罩名叫“明瓦”，是平板玻璃引進之前中國最好的建築採光材料。自宣德三年琉璃塔建成之日起，大報恩寺就安排了100名僧人輪流值班，負責給油燈添油、剪芯，擦拭明瓦，確保夜夜塔燈通明。在琉璃塔旁邊，建造了一座油庫，用於儲存燃燈所需的燈油。根據一份明代官員向皇帝提交的賬單記載，琉璃塔上每盞油燈每夜所需的燈油為六兩四錢，整個琉璃塔每月所耗用的燈油總量為1530斤。
當年大報恩寺塔標準層的琉璃門券，拱門上有很多動物，這是藏傳佛教藝術的一個特有造型，稱為“六拏具”。正中是大鵬金翅鳥，在密宗中寓意慈悲。兩邊是龍子龍女，代表救度之相。緊接著是長翅膀的飛羊，象徵福報，獅子比喻自在相，最下方的白象，意為善師。大鵬金翅鳥居於高處，其餘五種形象分佈在兩側，又稱“六靈捧座”。據明朝《金陵梵剎志》載，大報恩寺“琳宮櫛比，名勝所萃，而規摹宏壯，罕與此儷。至浮圖之勝，高百余文，直插霄漢，五色琉璃，合成頂冠，以黃金寶珠，照耀雲日。海外蠻夷、重譯至者，百有餘國，見報恩塔必頂禮讚嘆而去，謂四大部洲所無也。”
從2008年1月開始，“古報恩寺遺址考古”挖掘工作正式開始。直至7月中旬，考古挖掘取得突破性進展：在挖掘到4.2米時，考古人員發現了兩塊石板，石板下藏有地宮。石板吊起後，坑洞裡散落著幾百枚銅錢。底部則發現一鐵函，周圍有四塊石板保護。後來經過專家證實，這些銅錢並非明代“永樂通寶”，而是宋代常見的龍紋厭勝錢；石板上碑文則明確顯示有“長干寺”三字。據大報恩寺地宮出土石碑上的文字記載，這座地宮屬於北宋長干寺，舍利函中藏有的都是稀世國寶：感應舍利十顆、佛頂真骨、諸聖舍利、金棺銀槨、七寶阿育王塔。這些寶貝是被“進呈”然後“以鐵口函安置”的。這是宋代長干寺地宮出土的石函，方柱狀，在石函北壁板上鐫刻有《金陵長干寺真身塔藏舍利石函記》一文，詳細記載了可政大師在宋真宗的支持下整修長干寺、佛塔，瘞埋舍利的事蹟，並明確其中瘞埋“感應舍利十顆，並佛頂真骨洎諸聖舍利”。是不可多得的史料。石函由底座、四塊壁板、頂蓋共6塊構件拼合組裝而成，北壁板即為此碑，長150、 寬72、厚12.5厘米，下端有榫頭，兩側邊框寬12厘米，邊框未經打磨，表面略顯粗糙，略低於刻辭平面。刻辭部分打磨光滑，通體塗墨，出土之初因石函內鐵函鏽蝕而成土黃色。上端因鐵腐蝕，有數字被磨泐不可辨。碑銘楷書，首題“金陵長干寺真身塔藏舍利石函記”，首題下空三字為撰文、書丹者名諱，題曰“法主承天院住持圓覺大師賜紫德明述並書”，正文十五行，滿行40字，全碑共621字，茲據碑銘錄文如下：“金陵長干寺真身塔藏舍利石函記 法主承天院住持圓覺大師賜紫德明述並書：我大牟尼師，嗣賢劫第四之大寶也。總法界為化封，以教理為命令。垂承利物四十九年，大事既週，投[身]示寂。碎黃金相為設利羅，育王鑄塔以緘藏，耶舍手光而分佈，總有八萬四千所，而我中夏得一十九[所]，金陵長干寺塔即第二所也。東晉出現，梁武再營。寶塔參空，群生受賜。洎平陳之日，兵火廢焉。舊基空[擲]於蓁蕪，巍級孰興於佛事？每觀藏錄，空積感傷。聖宗之有天下，封禪禮週，汾陰祀畢，乃有講律[演]化大師可政，塔就蒲津，願興墜典。言告中貴，以事聞天。尋奉綸言，賜崇寺塔。同將仕郎守滑州助教王文共為導首，率彼眾緣，於先現光之地，選彼名匠，載建磚塔，高二百尺，八角九層，及[諸]寺宇，[以][狀]進呈。感應舍利十顆、並佛頂真骨、洎諸聖舍利，內用金棺，週以銀槨，並七寶造成阿育王塔。[乃]以鐵[篋石]函安置，即以大中祥符四年太歲辛亥六月癸卯朔十八日庚申，備禮式，設合郭大齋，閈於囗際，庶囗名數，永鎮坤維。上願崇文廣武儀天尊道寶應章感聖明仁孝皇帝天基永固，聖壽遐[長]，太子諸[王]，福昌萬葉。宰輔文武，贊國忠貞；三軍兆民，樂時清泰；同緣眾信，利集無疆；舉事諸賢，功彰不[替]。陵遷[谷變]，此善長存。地久天長，斯文永振。謹記。塔主演化大師可政，助緣管勾賜紫善來、小師普囗，導[首將]仕郎守滑州助教王文、妻史氏十四娘，男凝、熙、規、拯，孫男同緣、同會、三哥、四哥、五哥、七哥、[八]哥、[九哥]，孫女大娘、二娘、三娘、四娘、五娘、六娘，新婦蔡氏、許氏、楊氏、楊氏，出嫁一娘、三娘。亡女四娘，先[考]二郎，[先]妣程氏，繼母陳氏，寄東京王延旭，僧正賜紫守邈宣慧大師齊吉、賜紫文仲僧仁相紹之。舍舍利施護：守正、重航、紹贇、智悟、重霸，守願尼妙善、寶性；砌塔都料：應承裕並男德興、王仁規；施石函陸仁貞、仁恭。 ”
《整修長干寺》，講述的是可政大師在宋真宗的支持下，整修長干寺佛塔，並瘞埋佛頂真骨、感應舍利以及諸聖舍利的故事，可政大師功莫大焉。《請奉聖舍利》，講述的是可政大師在陝西終南山紫閣寺的危塔中發現玄奘頂骨舍利，並將其千里背負至長干寺。大報恩寺塔地宮發掘是中國考古界的“一件大事”。金陵大報恩寺塔是明代初年至清代前期南京最負盛名的標誌性建築，其出土文物更可揭示明代南，作為都城在文化、科技、藝術等方面的文明程度和成就。長干寺地宮是中國發現最深的地宮，出土的鐵函是中國發現的最大瘞藏舍利鐵函，鐵函中七寶阿育王塔是中國發現的最大的實物塔。更重要的是，鐵函中的佛頂真骨更是在國內外絕無僅有。當年陝西法門寺出土了4枚舍利，一下就成了佛教聖地，如今南京出土了佛頂真骨，其影響可想而知。原中國佛教協會會長趙樸初先生曾稱南京是“佛教學術的中心”，如今南京成為南方佛教中心的地位無可非議。在地宮中還出土了種類豐富的各類供養器物，包括金、銀、銅、水晶、玻璃、瑪瑙、絲綢等各種質地。其中有多達1.2萬餘枚的歷代銅錢——從秦代半兩，直至北宋真宗時期的祥符元寶，還包含不少特殊製作的非流通錢幣，如龍鳳紋花錢等。在一枚“景德元寶”的背面，磨光後刻劃了一幅佛手拈花圖，刻劃細微，精美異常。本次出土的100餘幅宋代絲織品，是建國以來北宋絲織品的一次集中出土。這些織物使用了提花、刺繡、印染、描金等多種織造和裝飾工藝。在多幅絲織品上還有施主墨書題寫的題記，內容豐富、墨色如新。在地宮中還出土有大量的宋代香料實物，有沉香、檀香、龍腦香等，以及貯存、使用香料的器具。
金棺銀槨是佛教僧人安葬佛舍利（遺骨）的葬具。佛教經典記載，佛主釋迦牟尼涅槃後，其舍利被分成八份分給古天竺八國國王建塔供養。後來供養舍利的風氣逐漸盛行，安葬舍利的容器也日益豪華，供養舍利之風傳到中國以後，與中國傳統的喪葬制度相結合，將盛放舍利的容器作成棺槨形，製作上也極盡工藝之能。金棺銀槨主要安放在佛塔地宮。銀槨長18.2、寬10.5、通高19厘米，整體上可分為上槨、下座兩大部分。上部的槨呈棺狀，一端較高，一端略低，有蓋有體。蓋頂有五個折面，上面鏨刻裝飾蓮花、鳳凰、人面鳥身的妙音鳥（迦陵頻伽鳥）等精美、複雜的紋飾；槨蓋的兩個端面皆浮雕出門樓的造型，包括屋簷、簷下的斗拱，以及簷上圍繞的如意祥雲等。槨體為長方形，兩端面與頂蓋的紋飾相接，鏨刻出兩扇門的形象，門上裝飾柱劍而立的門神圖案。銀槨的下部為長方形須彌座，須彌座的上、下分別有兩層和三層出澀，其中下部的第三層出澀裝飾為一圈仰蓮瓣，而上部的兩層出澀裝飾為仰覆蓮瓣。須彌座中部的束腰部分共有八個壼門，內飾蓮花。該銀槨實為鎏金銀槨，在底座仰覆蓮、壼門，上部的門樓、門神、伎樂神等關鍵部位施以鎏金，形成層次分明、重點突出的裝飾效果。銀槨底部刻有銘文，有“大卿施護佛頂骨”的字樣，記錄了佛頂骨舍利是施護捐贈的。據史料記載，施護是印度人，於公元980年從印度來到中國弘法，當時的南京被稱作“昇州”，是中國江南地區的政治、經濟和文化的中心。施護除了攜帶大量的佛經以外，還將珍貴的佛頂骨舍利帶到南京，並最終供奉於在長干寺地宮內。兩個側面的中部亦為門神，門神兩邊為手持笙、笛、排簫、竽等各種樂器的伎樂神。
大報恩寺地宮中請出的金棺銀槨有兩套，一套是長方形銀鎏金的金棺銀槨，還有一套是方形銀函。金棺長13.1、寬6.3、通高7厘米。蓋頂面五折，上飾蓮花、鳳鳥，兩端也各飾一隻鳳鳥。棺體兩端各飾兩位柱劍門神，但兩側面各飾三位伎樂神，手持的樂器增加了嗩吶、拍扳等。佛頂真骨即瘞藏於金棺內。
方形銀函學名叫盠頂盒(平頂，四邊呈坡形)，蓋頂不僅有凸起的花草紋，還有類似仙鶴的飛禽圖案；其內部還有一個方形的金盒，盒身遍布類似牡丹或芍藥一類的花朵圖案。這套金棺銀槨先各用金屬絲捆紮，防止棺槨蓋滑落。小銀函是平頂方形，鎏金銀香薰（複製品），北宋，國寶級文物。形似暖爐的鎏金銀香薰通體鏤空，裝飾有捲草、蓮花及鳳鳥紋，頂部還帶有鎏金拉環，便於提放、開啟。這件香熏裡不但裝有香料，還存放著金幣、絲織品等其他供養物。鎏金蓮花寶子銀香爐，北宋，國寶級文物。手爐就是手持的香爐，是佛教行香儀式中的用具。在大量的古代壁畫中，都保留有行香的形象資料，比如敦煌石窟中就有多處刻畫行香儀式的畫面。造型像是一朵橫置著的蓮花，銀質長柄上，蓮花、蓮蕊、蓮葉、蓮實以及枝莖一應俱全。其中最大的一朵蓮花，實際上是一個呈花瓣形的爐形容器，而尾端較小的蓮蓬，則是另一種叫“寶子”（專門放香料）的容器，另一朵蓮花上還有一尊小佛像，是典型的宋代所用手爐。
蓮池海會的場景就是西方極樂淨土，半圓形的拱門裡面是一個半球形的穹頂，半球形的壁上有許多佛教人物。蓮池海會匯集了歷代在南京開宗立派、譯經傳教的著名高僧和護法大德形象，正中央是西方阿彌陀佛，周圍有康僧會、法顯、宋僧可政、東晉高僧慧達大師、朱棣、明代高僧憨山、法眼宗文益禪師、牛頭宗法融禪師、朱元璋，蓮池海會繼續往前走，天花板上是穹頂。四周有木雕畫和大型壁畫。
南京佛教始於東吳，至六朝時建康城已超越北方的長安和洛陽成為全國的佛教中心，“南朝四百八十寺，多少樓台煙雨中”便是南京以弘揚佛教文化隆盛於中國的佐證，從東漢末年佛教東漸到清末楊仁山居士建立金陵刻經處，南京在中國佛教扮演非常重要的角色。大報恩寺的歷史從東吳開始，歷經各朝，有過長干寺、天禧寺等名字，大報恩寺塔的前身則是阿育王塔。建初寺於東吳赤烏年間建成，是繼洛陽白馬寺之後中國的第二座寺廟，也是中國南方建立的第一座佛寺。整個六朝時期，這裡始終香火旺盛。西晉太康年間復建，名長干寺；南朝陳為報恩寺；宋改天禧寺，建聖感塔；元改慈恩旌忠教寺。到了明朝，明成祖朱棣以紀念明太祖和馬皇后為名，命工部於此重建大報恩寺。嘉靖四十五年（1566年）遭雷火襲擊，天王殿，大殿、觀音殿、畫廓一百四十餘間焚為灰燼；萬曆二十八年（1600年）塔心木腐朽，塔頂傾斜，僧人洪恩募捐銀數千兩使之得以重修。清順治十八年以後，內府及地方均有撥款修繕記載。最後一次是1802年（清嘉慶七年）修復竣工後，繪塔圖並附志。後大報恩寺塔在與太平軍鬥爭中被毀。
大報恩寺被稱為聖地的原因，一是佛寺地位崇高，1700年來這裡一直是江南寺廟的發祥地和佛教中心，公元247年東吳大帝孫權在此建造江南第一座寺廟——建初寺阿育王塔，供奉“感應舍利”，地名遂崇稱“佛陀裡”，從此江南大地佛法大興；隨後的長干寺為中國十九座阿育王道場之一，大報恩寺為明代金陵三大寺之首，下轄百寺，大報恩寺塔被譽為“中世紀世界七大奇觀之一”。二是皇家禮佛聖地。從建初寺、長干寺、天禧寺到大報恩寺，從吳大帝、梁武帝、宋真宗到明永樂、宣德皇帝，大報恩寺前世今生之命運皆係皇家，實為聖上禮佛行為之觀照，永樂帝為報父母恩，以“宮闕規制”建造大報恩塔寺，登峰造極，親賜“大報恩寺”敕“第一塔”，朝廷文告中則稱其為“皇家佛堂”。三是佛教因緣殊勝。大報恩寺遺址瘞埋佛頂真骨、玄奘頂骨舍利、感應舍利、諸聖舍利千年，因緣殊盛，都由感恩而生，都因知恩而顯，都為報恩而靈，都以推恩而聖，如此是為大報恩聖地，非一般文化遺址，大報恩寺匯集了佛頂骨舍利、感應舍利、玄奘頂骨舍利和諸聖舍利四份佛門至寶。另外根據佛經記載，阿育王統一印度後將佛舍利分為八萬四千份，建八萬四千塔。中國有十九處，金陵長干塔位列第二。走進大廳，璀璨奪目、熠熠生輝，頭頂的燈光不時變換，“菩提樹”上掛著“八吉祥”，穹頂下面是一尊涅槃造型的釋迦牟尼佛，彷彿進入了一個神奇的聖地，圓形的穹頂上佈滿4200盞琉璃佛燈，在玻璃面的反射下又呈現一倍數量，8400盞琉璃光亮對應佛法八萬四千法門，而琉璃燈又會隨機變幻出七色光芒，如夢如幻，暗合舍利七次放光的記載。主佛堂核心區域有一座臥佛，位於蓮花座，臥佛兩側各有一處“菩提樹”。
走出舍利佛光廳後，進入這條隧道，叫做“經變畫廊”。 《九色鹿》故事在敦煌莫高窟保存著動畫片講述的內容，這是一個古老而優美的童話故事故事。故事裡面九色鹿的善良從容與落水男子的貪婪無義形成了鮮明的對比，勸 人向善，勸人知恩，諸惡莫作，眾善奉行。
“忘憂河”使用了影像捕捉技術，通過神奇的光電效果和彩繪方式營造出一個虛擬的放生池。遊客站在特定感應區域，會有一尾鯉魚投影在手上，輕輕向池內丟去，鯉魚就會躍入水中，濺起朵朵水花，忘憂河上面有一朵蓮花。
“感恩眾生”館區，令人會有置身浩渺星河的感覺。佛說，“從曠劫來，眾生互為父母，彼此有恩”。人與自然萬物,相互依存，共生共榮。參天的生命之樹延伸出冠狀枝條，垂下數万條猶如柳枝般的光纖，隨著整牆的巨型屏幕播放宇宙、滄海、山川等幻境，光纖也隨之變色，遊客猶如置身夢幻星河，感慨宇宙是一片海洋，人類只是滄海一粟。通過多媒體、高科技手段相輔，震撼心靈的場景再造，虛幻時空的真實模擬，帶給遊客特殊感官體驗，讓報恩不再是抽象的精神意識，而是觸手可及的具象體驗。報恩體驗區以“四恩“為主題，發散出眾多報恩故事演繹。館區包括感恩父母恩情的“人生軌跡”、詩意環保的虛擬放生的“忘憂河”、震撼如璀璨星河的“感恩眾生”空間，以及冥想許願的“菩提樹”，報恩的核心是生命平等下彼此的觀照與關照，是人與人、人與萬物相處的一種關係。 遊客在遊覽景區的同時，也將得到深抵靈魂的精神洗禮。“人生軌跡”是體現從搖籃到輪椅的人生軌跡，通過多媒體演繹，父愛恩重如山和母愛情深似海，感受父母的養育之恩： 她十月懷胎、你一聲啼哭，她予以你生命，你讓她堅定。成長中的每一步，都離不開她的默默付出；成長中的每一刻，都伴隨著她的靜靜守護。父母總以為我們不會長大，而我們總以為父母不會變老。直到有一天，你突然發現，她脊背彎了，皮膚皺了，頭髮白了，話變多了。過去的歲月裡，她耐心地陪你長大，而此刻的你，是否因為奔波忙碌而忘了陪她慢慢變老？凡人終有老，我們終將為人父母，我們子女的背影終有一天也會漸行漸遠。人生就是因為這樣的周而復始才有了悲歡離合喜怒哀樂，這就是人生真正的軌跡。
大報恩寺琉璃塔建於 1412 年，為明成祖朱棣敕建。此後，大報恩寺琉璃寶塔作為南京最具特色的標誌性建築物，被西方人譽為“南京瓷塔”，作為中國建築文化的典範被西方各國仿建。19世紀中葉，大報恩寺琉璃塔毀於太平天國戰火。在古塔消失 100 多年之後，為保護千年地宮，大報恩塔採用四組鋼管斜梁跨越遺址土方，地梁落腳點位於整個塔基遺址的外側，形成“覆缽型”新地宮，在原有地宮遺址上安放七寶阿育王塔，安奉佛陀舍利。塔基上方再造輕質九層塔，有四重傳承與創新，一是形態傳承與創新，不是複建而是再造，體現當代科技文明，但規模、形制、長細比與古塔近似；二是材料傳承與創新，古塔用琉璃，新塔用藝術玻璃工藝通過手工雕刻、上釉、燒製和合片，呈現琉光塔影；三是結構傳承與創新，內核由兩個正方形旋轉交錯構成蓮花瓣狀，寓含花漫菩提，通過逐層收分，塔頂重構，達到新塔古韻；四是功能傳承與創新，既保護千年地宮又傳承歷史記憶。
南京大報恩寺中的畫廊也是一大特色，明代曾有記載說大報恩寺畫廊“壯麗甲天下”。觀音殿後是南北畫廊，它不同於其它寺廟一個個小院落，有108間在佛塔兩側，遺址的外圍就是古寺廟畫廊的一圈，總長600米。現南邊經復原的畫廊淨深8米；中部是講述佛教故事的畫壁，而北邊的畫廊依據考古發現保留原貌，作為遺址保護。北畫廊遺址保存相對完好，南畫廊由於受現代建築的破壞，已失去遺址展示空間，取而代之的是在原址上復建，復建後的南畫廊內以木質雕件展欄，展示一些畫家的繪畫。
新建的南京大報恩寺塔，以現代工藝成就新塔古韻，琉光塔影。該塔共有9層，高98米，外立面由玻璃幕牆組成。入塔朝聖先步入地宮，瞻禮千年地宮，禮拜佛陀舍利。拾級而上，報恩祈福，至第九層，縱覽江南煙雨，一飽金陵風韻。整個大報恩塔各層以佛菩薩為主題，創作白銅浮雕，呈現了四大天王、四大菩薩、三身佛、三世佛、 五方佛的佛菩薩體系。登上之後，首先看到的四大天王白銅浮雕，四大天王是佛教寺廟中最為重要的護法神，在民間，也因其所持法器的不同分別像徵著“風、調、雨、 順”。 《徐皇后禮佛圖》徐皇后是明成祖朱棣的皇后，是明開國功臣徐達的嫡長女。朱棣雖然殘暴，但與徐皇后之間 卻是情深意重。徐皇后逝世後，朱棣十分悲痛，於大報恩寺前身天禧寺為她舉行大齋，接受群臣的祭祀。
大報恩寺琉璃塔在歐洲享有的盛譽，首先要歸功於荷蘭人亨利·尼霍夫整理、編輯的尼霍夫遊記。在尼霍夫遊記中，南京大報恩寺琉璃塔已被稱作是可與“世界七大奇蹟”相提並論的偉大建築，其獨特的造型和無與倫比的美麗，通過文字和版畫，被大肆渲染和熱情推崇。尼霍夫遊記的出版和大量發行，使得大報恩寺塔成為最為歐洲人熟知的中國建築。遊記在1665年以法文出版後，激發了歐洲第一個中式建築的靈感，這就是由路易十四授命，於1670年在凡爾賽建成的特列安農瓷宮。尼霍夫遊記和插圖，被其他有關中國或亞洲的各類書籍不斷引用或廣泛改編。直到19世紀40年代，尼霍夫的遊記和插圖仍是歐洲人了解中國的重要知識來源。大報恩寺琉璃塔之所以在歐洲家喻戶曉，還得益於文學等作品的宣傳。 1839年安徒生就在《天國花園》中提到：“我剛從中國來———我在瓷塔周圍跳了一陣舞，把所有的鐘都弄得叮噹叮噹地響起來！”這裡的瓷塔，就是大報恩寺琉璃塔。十六至十七世紀，隨著西方傳教士和使團陸續到達中國，琉璃塔逐漸為西方世界所了解。他們驚嘆於琉璃塔的壯麗，把它稱為中國瓷塔，並把它與萬里長城一道作為中國在西方人心中的表徵，代表了中國在西方心目中的美好印象，又與埃及金字塔、英國巨石陣等一道被稱為中世紀世界七大奇觀之一。