毘盧寺位於南京市漢府街4號，始建於明嘉靖年間（1522-1566），因寺中供養毘盧遮那佛而得名。
毘盧遮那佛是釋迦牟尼的法身佛。佛教中經常會提到“三身佛”，即法身“毘盧遮那佛”，應身“釋迦牟尼佛”，報身“盧舍那佛”。
這三尊佛像的關係非常奇妙，對此佛教中有一個精妙的比喻：法身佛如明月，報身佛如月光，應身佛如月之影。意思是即使水乾了，月亮的影子不見了，但月亮依舊存在。就是說法身毘盧遮那佛，不管在什麼時候都永遠存在。
民國的首都是南京，民國時期，南京毘盧寺是全國佛教的中心，中國佛教會、中華佛學研究會、中國宗教聯誼會、首都中醫院皆設於此。
走進香煙繚繞的毘盧寺，高大的銀杏樹在陽光的映照下，金光閃閃，據說是清末光緒年間曾國荃在南京任兩江總督時親手種植。
盛時的毘盧寺，東至明故宮、西至總統府、北至珠江路、南至長江路，為南京第一大寺。
文革期間，毘盧寺3000尊佛像全部散失，房屋殿堂都被成了工廠的車間和庫房。上世紀九十年代，在政府支持下，毘盧寺開始修復。2004年，基本複建成現在的模樣。
位於萬佛樓的二樓的藏經樓，現藏有《乾隆大藏經》。中國歷史上《大藏經》分多個時期多種版本，其中以明永樂和清乾隆時期的藏經最為名貴。南京毘盧寺的這一套即為清刻版乾隆大正藏，全套共168本，全世界僅有40套。
來訪時，寺內包括鼓樓等設施還在維護中。今天的規模已不可與以往同日而語。
